Abitata fin dal Neolitico, Fragagnano mostra i segni di una cultura antichissima risalente al 3000 a.C. Diversi scavi hanno portato alla luce dei reperti sul Monte Santa Sofia e frammenti di ceramiche in diverse contrade.
In epoca greca, il territorio era popolato, grazie alla posizione collinare che permetteva di potersi difendere dal nemico. Dalle rocce sgorga la cosiddetta funtanedda, acqua sorgiva che fin dall’antichità permetteva alla gente di potere abitare quei luoghi.
Di tanta storia, purtroppo non è rimasto granché e oggi la Sovrintendenza ai Beni Culturali sta cercando i segni del passato sulle rocce del grande monte Santa Sofia. Ricerche recenti e precisamente nel 1905, hanno portato alla luce, in località Mancini, un “tesoretto” contenente alcune monete appartenenti alle zecche di Taras, Metapontion e Thurii del 313 a.C.
Fragagnano sorge nella Murgia Tarantina a 123 metri sopra al livello del mare.
Il territorio è caratterizzato da una macchia mediterranea dove si coltiva il fico d’india, la vigna che permette la produzione del Primitivo e della Malvasia Nera, e anche olive da cui si produce un ottimo vino.
Il territorio è caratterizzato dalla presenza di muretti a secco costruiti con la pietra e utilizzati dai contadini per riporvi gli attrezzi da lavoro e come giaciglio per riposare.
Il turista che ama scoprire le bellezze artistiche del territorio può visitare nel centro storico di Fragagnano la Chiesa Madre SS. Maria Immacolata costruita attaccata a una vecchia chiesa del XV secolo.
All’interno della chiesa sono conservate le reliquie di Sant’Antonio di Padova, protettore di Fragagnano e del beato Bartolo Longo.
Nel 1911 fu costruita, la chiesa intitolata alla Madonna del Carmine. La struttura architettonica in tufo, comprende una cupola emisferica, alla cui sommità vi è il campanile. All’interno è presente un pulpito ligneo e i 4 Santi carmelitani.
La Cappella della Madonna del Favore si trova a circa un chilometro ad ovest del centro abitato. La cappella nacque in seguito al rinvenimento di un’icona raffigurante la Vergine all’interno di un pozzo posto nelle vicinanze. Oggi, il culto della Madonna del Favore è ancora molto sentito.
Nel centro storico, si ergono diversi palazzi che si possono ammirare in tutta la loro bellezza. Il Palazzo baronale costruito nel 1587, a scopo difensivo è di epoca medievale.
Il Palazzo Marchesale quasi di fronte al primo, molto elegante e sobrio, è stato edificato nel 1701, fu la residenza dei marchesi fino a quando fu abolito il feudalesimo.